基因检测是目前癌症精准分型与精准用药的主要方法。但是，基因与生命活动的最终执行者——蛋白质之间仍然存在较大差异，难以直接反映生命变化。由于生命活动的实际承担者、大部分的疾病标志物、绝大多数的药物治疗靶标都是蛋白质，蛋白质组相比基因组更能反映疾病的状态，因此，蛋白质组学在近年来受到了更广泛的关注，成为生命科学新生长点。近三年，Cell、Cancer Cell 等高水平期刊陆续发表了近20篇各类肿瘤的蛋白基因组研究成果，旨在将蛋白质组学、修饰组学纳入肿瘤研究中，从蛋白质水平上发现与验证肿瘤相关基因突变、表达量变化、所调控的下游分子等，提供从DNA到RNA到蛋白质的信息流的更综合的全景视角，连接学科之间的孤岛，使得科学家能更全面的认识肿瘤，为肿瘤未来的精准治疗提供新的思路和方向。如何利用蛋白质组学技术为临床科研加分，让人耳目一新？吉凯基因特邀复旦大学人类表型组研究院丁琛课题组、Nature Biotechnology 一作冯晋文博士做客吉凯直播间，您千万不要错过。

我国在2014年启动“中国人类蛋白质组计划”，通过绘制人类十大恶性肿瘤的蛋白组“地形图”，试图在蛋白这个更高级的维度上理解肿瘤，揭示肿瘤的分子机制，寻找治疗靶标。自此，在众多国内高水平研究成果中，我们能够经常看到蛋白质组学技术的使用。

• 蛋白质组学技术在肾癌中的应用

本期吉凯特邀讲师冯晋文博士分享的“中国人群透明细胞肾癌的蛋白质基因表达图谱“为其4月19日在Nature Communications 发表的研究成果“A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinomain a Chinese population”。

冯晋文博士为此项研究中的共同第一作者。复旦大学人类表型组研究院丁琛教授、复旦大学附属肿瘤医院叶定伟教授、张海梁教授和上海交通大学附属新华医院赵健元教授为本文共同通讯作者。此前，2019年美国临床蛋白质组学肿瘤分析联盟（CPTAC）公布了103例透明细胞肾癌患者的蛋白质基因组学特征。然而，由于研究人群集中在西方肾癌患者上，在治疗方式、药物使用上同国内的患者存在差距，该研究并不能满足国内肾癌临床和基础研究中的迫切需求。此项研究通过蛋白质基因组学技术（蛋白质组和全外显子测序）对232例中国人群肾透明细胞癌进行分析，首次通过大样本队列描绘了中国透明细胞肾癌的蛋白基因图谱，并发现了中西方透明肾癌关键致病基因突变谱差异。根据中国人群的蛋白组表达谱，可将透明细胞肾癌患者分为三型。研究成果为透明细胞肾癌的精准治疗提供了新的干预靶点和分子分型理论依据。

• 蛋白质组学技术在肝癌中的应用

去年年底（2021年12月30日）, 复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心高大明研究员和复旦大学附属中山医院高强教授课题组，在Cancer Cell 上发表肝内胆管癌的重磅级研究成就成果“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroupsof intrahepatic cholangiocarcinoma”。 基于蛋白基因组学技术（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化修饰组和微生物组技术）对262例肝内胆管癌患者癌与癌旁组织进行联合分析，同样揭示了具有不同特征和预后的疾病亚群，这描述了iCCA发病机制的复杂机制，为未来的精准治疗探索提供了前景。这项研究是樊嘉院士团队继2019年肝细胞癌分子分型登顶国际顶刊Cell、以及2019与贺福初院士团队合作的早期肝细胞蛋白组登顶Nature之后的又一力作。

• 蛋白质组学技术在肺癌中的应用

2020年7月9日Cell 杂志同时在线发表了三篇国内外研究者关于肺癌蛋白质组学的研究成果，描绘了肺细胞癌的蛋白质组表达谱图，发现了肺癌精准治疗的新靶点，具有极为重要的临床指导意义。来自中科院上海药物所谭敏佳研究员、中国医学科学院肖汀教授、北京蛋白质组研究中心贺福初院士、汪宜研究员、上海交通大学李婧教授等合作在Cell上发表题为“Integrative Proteomic Characterization of HumanLung Adenocarcinoma”的研究论文，对103例肺腺癌的样品进行了蛋白基因组学技术（蛋白质组学，磷酸化蛋白质组学，转录组和全外显子组测序）。通过基于蛋白质组层面的分子特征，可以将肺腺癌分为3个亚型（S-I, S-II, and S-III），并具有不同的临床预后。除此之外，研究团队还发现了新的潜在药物靶点，以及血液中的HSP 90β可以作为肺腺癌的潜在预后标志物。该研究从机理、诊断和治疗方面，都提供了新的重要的信息。通过以上几篇国内高水平研究成果的回顾，我们不难发现蛋白质组学技术对于疾病分型、药靶筛选以及机制阐述具有重要的研究意义。在此次的蛋白质组专题研讨会上，除了我们特邀讲师冯晋文博士为大家分享蛋白质学的研究成果外，也涉及到对4D-DIA磷酸化和4D-PRM的技术测评和应用案例介绍。欢迎参加6月1日的直播讲座，扫码即可免费报名！

吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累，建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台，为中国研究型医生提供科研服务，加快科研成果转化。其中，多组学平台包含蛋白质组学平台和高通量测序平台：

·蛋白质组学平台拥有多台timsTOF Pro、Exploris 480高精度质谱仪，专业的Spectronaut Plusar、Mascot等分析软件，提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组、Olink蛋白质组等检测服务，强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务，系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案，真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效；

·高通量测序平台分为常规测序服务和单细胞测序服务：单细胞测序拥有10x和BD两个平台，提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞TCR/BCR、单细胞（RNA+ATAC）、空间转录组测序等服务；常规测序服务提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修饰测序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修饰测序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻译组测序） 、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全转录组测序（两文库/三文库）、外泌体miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服务。