蛋白组学主要以全蛋白组(组织、细胞和器官)、线粒体蛋白组、叶绿体蛋白组和外泌体蛋白组为研究对象,通过对蛋白组进行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物学功能、作用机制、疾病诊断的标志物以及预测蛋白的上、下游变化关系。蛋白质组学可以克服核酸水平预测的不确定性、反映核酸翻译后修饰情况。01.常用技术1. 非靶向蛋白组学1.1 蛋白质定性(胶条鉴定和溶液鉴定)1.2 高通量定量蛋白组(Label free、 iTRAQ/TMT 和 DIA 定量)1.3 多肽组学2. 靶向蛋白组(PRM 靶向蛋白/肽段定量)3. 修饰蛋白组学(定量磷酸化修饰组学、定量糖基化修饰蛋白组学、定量乙酰化修饰蛋白组学和定量泛素化修饰蛋白组学)4. 互作蛋白组学(代谢物与蛋白互作研究)02.仪器平台03.蛋白序列数据库
最常用 Uniport 数据库,第二优先级是 GeneBank/NCBI 数据库,最次选择 RNA sequence 序列信息进行氨基酸转换。
04.搜索软件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
06.分析结果展示
1. 基础分析
数据预处理
差异表达蛋白筛选
2. 常规数据分析
3.功能分析
COG 注释分析
亚细胞定位分析
GO 注释富集分析
KEGG 注释富集分析
PPI 网络构建分析
4.修饰蛋白特有分析
Motif 分析
激酶(kinase)预测分析
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